Il museo nazionale di San Martino fu aperto al pubblico a Napoli nel 1866, all'indomani dell'Unità d'Italia, dopo che la Certosa inclusa tra i beni ecclesiastici soppressi, fu dichiarata monumento nazionale.

Per volontà dell'archeologo Giuseppe Fiorelli gli ambienti furono destinati a raccogliere in un museo testimonianze della vita di Napoli e dei Regni meridionali (Regno di Napoli e Regno di Sicilia prima e del Regno delle Due Sicilie dopo). Al museo, che si sviluppa su due livelli, si accede dai due chiostri della certosa.