Il Real Museo Mineralogico fu istituito nel 1801 da re Ferdinando IV di Napoli.

Fu il primo istituto nel suo genere in Italia. Aveva sede nella ex Biblioteca del Collegio Massimo dei Gesuiti, dove tuttora è ospitato. Numerosi importanti studiosi vi hanno operato, fra cui Matteo Tondi, Carminantonio Lippi, Arcangelo Scacchi e Ferruccio Zambonini.

Nel 1845, il Museo ospitò il VII Congresso degli Scienziati Italiani, che vide la partecipazione di ben milleseicentoundici scienziati. Il Museo conserva circa 30.000 campioni, tra i quali alcuni molto rari per dimensioni o bellezza e oggi fa parte del Centro musei delle scienze naturali e fisiche dell'Università Federico II.