La chiesa, situata in piazza Sant'Alfonso, fu voluta e ideata dallo stesso Sant'Alfonso, che ne affidò il progetto e la direzione dei lavori all'architetto regio Pietro Cimafonte. La costruzione, iniziata nel 1756, fu completata dopo varie interruzioni solo nel 1824.
La basilica era intitolata, inizialmente, a san Michele. La facciata in stile neoclassico, con decorazioni in stucco e colonne, fu realizzata nel 1823 da Filippo Conforto. Nel 1824, Carmine Calvanese ne eseguì, invece, le statue dei santi Pietro e Paolo, poste in due nicchie ai lati dell'ingresso. Nel 1908 la chiesa fu elevata a basilica minore da papa Pio X.

L'altare centrale, innalzato nel 1883 con marmi provenienti dalla Reggia di Caserta, è sormontato dalla pala raffigurante san Michele Arcangelo.

L'altare in marmi policromi racchiude nella parte inferiore l'urna del santo, realizzata in argento con la fusione di oggetti preziosi donati dai fedeli. Le reliquie, disposte anatomicamente su un carrello d'argento, sono sormontate dalla statua lignea del santo, eseguita dall'artista napoletano Antonio Lebbro.